RTPCR的引物如何設計

2021-03-09 02:40:42 字數 1216 閱讀 8309

1樓:匿名使用者

引物可以通過一些軟體設計,比如primer 5 ,但是還需要注意一些細節問題。

比如1.引物最好在模板cdna的保守區內設計。 dna序列的保守區是通過物種間相似序列的比較確定的。

在ncbi上搜尋不同物種的同一基因,通過序列分析軟體(比如dnaman)比對(alignment),各基因相同的序列就是該基因的保守區。

2.引物長度一般在15~30鹼基之間。 引物長度(primer length)常用的是18-27 bp,但不應大於38,因為過長會導致其延伸溫度大於74℃,不適於taq dna 聚合酶進行反應。

3.引物gc含量在40%~60%之間,tm值最好接近72℃。 gc含量(***position)過高或過低都不利於引發反應。

上下游引物的gc含量不能相差太大。另外,上下游引物的tm值(melting temperature)是寡核苷酸的解鏈溫度,即在一定鹽濃度條件下,50%寡核苷酸雙鏈解鏈的溫度。有效啟動溫度,一般高於tm值5~10℃。

若按公式tm= 4(g+c)+2(a+t)估計引物的tm值,則有效引物的tm為55~80℃,其tm值最好接近72℃以使復性條件最佳。

2樓:匿名使用者

先找出你要擴增的「保守序列」的所有鹼基,到專門的設計軟體上搜尋最佳引物序列。

軟體和軟體的使用在丁香園上均可找到。

http://****dxy.**/bbs不過一開始最好有設計過的人在身邊指點,不然會有很多問題

3樓:匿名使用者

上面有很清楚

的設計方法。

4樓:許無憂

建議你去借分子克隆實驗指南來看看,或者採用引物設計軟體,比如primer premier 5,把序列輸入就可以得到不同打分的引物對

5樓:歸躍卜葉豐

microrna的莖環引物可以自己設計。據說有公司也可以幫忙合成,不過還是自己設計好了發過去比較省錢吧。內參一般是u6,因為它長度和microrna一樣比較短。

我做的反轉錄內參是跟microrna分開管子轉的real-time

quantification

ofmicrornas

bystem–loop

rt–pcr

這篇文獻上有比較容易看懂的莖環引物的圖。也可以看看幾篇相關的中文文獻都有。

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