檢測基因組中某個基因的含量,應該把引物設計在哪個區段

2021-03-10 14:54:28 字數 906 閱讀 8990

1樓:千山飛過萬頭鳥

hcv為一有包膜呈球形的正單鏈rna病毒。hcv基因組為單股正鏈rna,全長約9500 鹼基。 基因組兩專側分別屬為5』和3』非編碼區,中間為開放讀碼框(orf),分為結構區和非結構區(圖1)。

結構區包括核心蛋白區 (c) 和兩個包膜蛋白區 (e1、e2),分別編碼核心蛋白和包膜蛋白。非結構蛋白區包括ns2、 ns3、 ns4和ns5區,編碼功能蛋白,如蛋白酶 (ns2、 ns3和ns4a區),螺旋酶 (ns3) 以及依賴rna的rna多聚酶 (ns5b區)。雖然非結構蛋白不是病毒顆粒的組成部分,但在病毒複製中起到非常重要的作用。

通常採用基因工程表達上述結構和非結構蛋白作為包被抗原,來建立抗-hcv檢測的elisa方法。hcv基因組具有顯著的異質性,同一基因組不同區段變異程度有顯著差別。5』非編碼區最為保守,因此pcr檢測hcv、rna的引物設計多選用該區域。

2樓:虎畫美學研究

1,越多越好

2,有始有終的那一段

設計qrt-pcr引物時,一個基因有多個變體,要選擇哪一個來設計引物才能使定量準確些?

3樓:阿魯巴星人

1 基因有多種變體,該怎麼設計?

你如果僅僅檢測這個基因的表達量,你可以將引物設計在這多種變體的保守區域內,就是所有變體都包含的區域。如果你明確要檢測哪一個變體,就設計在這個變體獨有的區域內。

2 引物blast後的產物有多種

你應該是在ncbi上進行的primer blast吧?你只要看到你的引物擴增出來的都是你要的目的基因就好了。在ncbi上有很多標記,一般認為nm的是ncbi上認可的reference的序列,nx是使用者上傳還未認證的序列,你忽略也是可以的。

predicted是指使用者**的序列,建議你還是用ncbi認證的序列。

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