1樓：月似當時
對戰開拓區篇結束後，小遙為了獨自挑戰城都地區的華麗大賽和小智告別，小勝回到了橙華道館，小剛也回家去了。小智則受到了小茂的激勵，獨自帶著皮卡丘和偷渡的長尾怪手前往神奧地區挑戰聯盟。
新登場的女主角小光，其藍本取自電玩nds版。為了成為頂尖協調訓練家，小光從家鄉雙葉鎮來到了位於真砂鎮的山梨研究所領取最初的神奇寶貝。
而同一時間，小智也抵達神奧地區，並在那裡和小剛再度會合。機緣巧合，小光救了被火箭隊抓走的皮卡丘，三人就一同結伴旅行，了新的旅程。
擴充套件資料
神奇寶貝第三部其他譯名：神奇寶貝dp，寵物小精靈鑽石與珍珠，神奇寶貝鑽石與珍珠，神奇寶貝第三部，寵物小精靈第三部。
小智來到了神奧地區踏上新的旅程，也換上了令人耳目一新的服裝，一同旅行的夥伴中，除了固定班底-超愛大姐姐的小剛外，也增加了一位新女主角-小光。
歷代神奇寶貝動畫系列中，小智身邊都會有位女主角一起共同冒險，初作女主角是自稱美少女的小霞，超世代系列是一位可愛的活潑少女小遙，而本作【神奇寶貝-鑽石&珍珠】則是一位個性爽快、有話直說的10歲小女孩-小光，她以新人神奇寶貝訓練家身分出外冒險旅行，卻在朝向神奇寶貝研究所的途中迷路，而小智剛好正準備在神奧地區新的旅程時，遇到了迷路的小光，因緣際會下兩人便結伴同行。
另外，神奇寶貝動畫系列中不可缺少的搞笑靈魂人物-火箭隊，在本作【神奇寶貝-鑽石&珍珠】中當然還會出場搞笑作亂一番，那段讓大家朗朗上口的出場名言，在此作中變得更加震撼人心，而最後仍是會以大家熟悉的畫面「好討厭的感覺」飛上天空消失於天際收場。
在神奇寶貝方面，除了最受歡迎的皮卡丘外，還將會有100多隻可愛、帥氣、活潑等各種不同型別的新神奇寶貝豋場。
2樓：光明使者
第1集：旅行開始，從真砂鎮到
雙葉鎮 （小光登場、小智的長尾怪手歸隊）
第2集：尋找皮卡丘！202號道路！ ！（小智收服姆克爾、小次郎得到尖牙籠、小剛歸隊）
第3集：對戰勁敵 三對三 ！（小光加入）
第4集：圓企鵝對戰含羞苞 小光的初次戰鬥！
第5集：收服草苗龜（小智收服草苗龜）
第6集：迷惑之森，與真嗣的再度相遇
第7集：圓企鵝加油！
第8集：謎之道館的不良蛙！（小剛得到不良蛙）
第9集：和卷卷耳一起玩 （小光收服卷卷耳）
第10集：神奇寶貝手錶入手困難 （小光得到神奇寶貝手錶）
第11集：小光！華麗大賽初登場！！
第12集：華麗大賽戰鬥!勁敵對決!
第13集：胖胖翁加油! (小智的姆克爾進化成姆克鳥)
第14集：一切交給小剛吧! （小剛的愛哭樹進化成胡說樹）
第15集：黑鐵道館!平田對戰真嗣!
第16集：頭蓋龍vs皮卡丘!
第17集：古代小精靈大進擊!
第18集：再戰黑鐵道館!決戰暴槌龍 （小智得到黑鐵徽章）
第19集：收服帕奇利茲沒問題? (小光收服帕奇利茲）
第20集：神奇寶貝獵人j ！
第21集：最強的鯉魚王與最美的笨笨魚!
第22集：帕奇利茲vs長尾怪手!
第23集：爆走的大鋼蛇，守護大牙狸之村!
第24集：小智對抗皮卡丘!?
第25集：羅斯蕾朵與花之傳說!
第26集：神奇寶貝華麗大賽，索諾大會 ！
第27集：決戰，圓企鵝對舵企鵝! （小光得到緞帶）
第28集：鬼飄飄與北風的使者!
第29集：小智與小光，雙人合作賽沒問題!?
第30集：白岱之森，蓑衣蟲進化作戰!
第31集：草苗龜對草苗龜！速度對決!
第32集：琥珀之城的女王蜂!
第33集：神奇寶貝變裝大會 (小剛得到蛋)
第34集：泳氣鼬!通向最強的道路 （小光收服泳氣鼬）
第35集：四天王悟鬆與青銅眾!
第36集：神奧時空傳說!
第37集：白岱會館！對戰萊子! （小智得到三葉徽章）
第38集：高速自行車道上的偉大誕生!! (小剛的蛋孵化成粉紅蛋)
第39集：皮卡丘看家？！
第40集：冠軍，希羅娜登場 ！
第41集：小光與小希與雙人表演
第42集：落雷獸訓練中心！
第43集：巫妖！從惡夢中逃脫！！
第44集：幫助迷路的沼澤河馬！
第45集：獵人j再次登場！守護盾面龍
第46集：迷路曳行！全員緊繃！
第47集：美留與凱西與水之底！
第48集：小智與小光！迎向新的冒險！！
第49集：神奇寶貝華麗大賽！茵緣大會！！
第50集：全員參加！雙人合作賽！！
第51集：小火猴vs貓鼬斬！命運之戰！！
第52集：雙人合作賽！決勝戰！！（小智收服小火焰猴）(真嗣的電擊怪進化成電擊獸）
第53集：小火猴之淚！
第54集：菜子與沙漠奈亞！再見是為了誰！（小次郎的沙漠奈亞離隊）
第55集：長尾怪手與泳氣鼬！各自的道路！！（小光的泳氣浮鼬和小智的長尾怪手交換）
第56集：花巖怪的封印石！
第57集：呆水狸知道了！！
第58集：紅鋼鼻！熱血之魂！
第59集：雷電獅的眼睛！
第60集：花蕊遺蹟的未知圖騰！（小光的長尾怪手進化成雙尾怪手)
第61集：神奇寶貝華麗大賽，花蕊大會!(武藏得到緞帶)
第62集：女僕咖啡店的**罐
第63集：小山豬三隻組與溫泉蒸氣對戰
第64集：天蠍王與天蠍（小智收服天蠍，嫩苗龜學會能量球，真嗣收服天蠍王）
第65集：帕奇利茲在沙河馬裡
第66集：路卡利歐，憤怒的波導彈
第67集：小光初次挑戰道館戰！（小智的姆克鳥學會勇鳥）
第68集：戶張道館！路卡利歐vs泳氣鼬！（小智得到格鬥徽章）
第69集：時尚達人！名叫銀河圖!
第70集：振作起來，小風鈴!
第71集：神奇寶貝保育家！波導的利歐路！-前篇
第72集：神奇寶貝保育家！波導的利歐路！-後篇
第73集：再見了 毒粉蝶！（武藏的毒粉蝶離隊）
第74集：皮卡丘！雷丘！通向進化的道路！！
第75集：華麗大賽尊者——米可利登場！！(小遙登場）
第76集：七星級餐廳！以聯協戰鬥享受豪華宴席！！（小遙歸隊)
第77集：強敵雲集！米可利杯！！
第78集：激鬥！各自的勁敵！！
第79集：決戰！小光對小遙！！(小遙離隊）（小光贏得緞帶）
第80集：陽陽瑪！收服作戰！！（武藏收服服陽陽瑪,陽陽瑪進化成梅卡陽瑪）
第81集：灼熱的小火猴！
第82集：野瀨大溼原的毒蟾鬥士慶典！？
第83集：野瀨會館！vs最強的假面！！（小智得到波紋徽章）
第84集：裡山先生家的大食客小山豬！(小光收服小山豬)
第85集：天蠍！友情之翼!!(小智的天蠍進化成天蠍王)
第86集：茵緣時裝系列釋出會！通往神奇寶貝造型師之路！！
第87集：擋路的可達鴨
第88集：寵物小精靈夏日學校課程!
第89集：研究發表『湖之傳說』！
第90集：放學後是幽靈時間！
第91集：最後的大勝負！寵物小精靈鐵人三項！！
第92集：迴歸原點的火箭隊！？
第93集：跳的拳擊練習場領導人！梅麗莎登場！
第94集：電栗鼠發燒了! 兩人來看護!?
第95集：神奇寶貝華麗大賽！神巫大會！(小光獲得緞帶）
第96集：銀河團的襲擊！！(前篇）
第97集：銀河團的襲擊！！(後篇）
第98集：漂浮的未知怪物！？（再次遇見小葵）
第99集：四天王阿柳！相會與離別的森林！
第100集：嫩苗龜、樹林龜…然後土臺龜！（小智的嫩苗龜進化為樹林龜）
第101集：勁敵訓練家·小純登場！！
第102集：緣之道館戰！對抗梅麗莎！！（小智得到茵緣徽章、武藏獲得緞帶勳章）
第103集：混戰混亂 水脈市！
第104集：克雷色利亞對抗達庫萊伊！ （小光的小山豬進化為長毛豬）
第105集：羊羹與洛託姆！
第106集：與神奇寶貝友好相處之道！？ （小光的長毛豬進化為象牙豬）
第107集：戰槌龍對抗護城龍！！
第108集：水脈道館戰！鋼鐵的對戰！（小智得到鋼鐵徽章）
第109集：迷路的吼吼鯨！
第110集：阿玄與路卡利歐！
第111集：鋼鐵島的遺蹟！
第112集：皮卡丘與圓企鵝漂流記！
第113集：惡作劇的霏歐納
第114集：神奇寶貝華麗大賽！通草大會（小光得到緞帶）
第115集：野蠻的君莎與搭檔音符鵲!
第116集：暴風雪中的雪妖女!
第117集：火箭隊解散!?
第118集：神奇寶貝圓環！天空大決戰!(小智的姆克鳥進化成姆克鷹）
第119集：激烈衝突!象牙豬對抗波士可多拉
第120集：教學!神奇的口袋中的寶貝!
第121集：孤獨的雪笠怪！
第122集：進化，這次是圓企鵝！？
第123集：神奇寶貝華麗大賽 立浪大會!
第124集：神奇寶貝乒乓大會！雙尾怪手加油！(小光的雙尾怪手離隊)
第125集：櫻花寶！勇氣對戰!?
第126集：訓練家培育學園的鈴奈老師！
第127集：切鋒道館！冰之對戰!（小智得到冰河徽章）
第128集：對戰金字塔！真嗣對抗神代
第129集：復活的雷吉奇卡斯！j再度登場!
第130集：電龍列車！「好看」登場!
第131集：全員對戰！真嗣對抗小智!（前篇）
第132集：全員對戰！真嗣對抗小智!（後篇）（小智的小火猴進化成猛火猴）
第133集：由克希之影 !
第134集 森林之王,巨蔓藤
第135集 全員參戰 神奇寶貝齊心協力
第136集 時間和空間！銀河團的野心！
第137集：瑪力露·圓企鵝·電擊怪!
第138集：小光對抗媽媽！親子對決!
第139集：救出大木博士！牛蛙君對抗毒蟾鬥士!
第140集：天然雀，天然鳥…不可思議的森林！
第141集：對戰塔大君！那位男子叫山棕!
第142集：歷史上最壞的波克比！
第143集：城都之日！菊草葉與小鋸鱷登場!（琴音、和也加入，小光得到蛋，並孵化成火球鼠）
第144集：迷宮捕獲!?山谷中的風力發電廠!
第145集：圓陸鯊…收服到了！(和也收服圓陸鯊)
第146集：神奇寶貝華麗大賽！睡蓮大會！
第147集：小智與小光！雙打對戰！(和也的小鋸鱷進化成藍鱷，琴音、和也離隊）
第148集：夢妖與黑暗鴉與暗之石！
第149集：皮卡丘和圓企鵝分開了！
第150集：紅的鎖鏈！銀河團起動!
第151集：亞克諾姆·由克希·艾姆利多！
第152集：帝牙盧卡與帕路奇亞！最後的戰鬥！
第153集：危險滿滿!小次朗的寶箱!
第154集：空中大師登場!天蠍王vs巨鉗螳螂!（天蠍王離隊）
第155集：雙人對戰!象牙豬與火球鼠!
第156集：圓陸鯊與龍星群！（小智和圓陸鯊相遇）
第157集：收服到圓陸鯊了！（小智收服圓陸鯊）
第158集：爆走！自爆磁怪vs巨金怪!!
第159集：急凍拳！泳氣鼬對抗吸盤魔偶!!（小智的泳氣鼬學會急凍拳）
第160集：燃燒吧卡比獸！神奇全能的王者!!（未釋出）
第161集：神奇寶貝華麗大賽！朝月大會!!（未釋出）
第162集：雙打比賽!vs正電拍拍・負電拍拍!!（未釋出）
神奇寶貝第三部全目錄，神奇寶貝第三部目錄
dp01.出發 從雙葉鎮到真砂鎮 小光登場並得到波加曼 鑽石 珍珠中主人公神奇寶貝最終陣容 16張 dp02.尋找皮卡丘 202號道路 小智收服姆克兒，小次郎得到尖牙籠，小剛歸隊，真司登場 dp03.對戰勁敵 3對3 小光加入 dp04.波加曼對戰含羞苞 小光的初次戰鬥 尚志登場 dp05.收服草苗...
神奇寶貝第三部目錄，神奇寶貝最新第三部目錄
dp01.出發 從雙葉鎮到真砂鎮 小光登場並得到波加曼 鑽石 珍珠中主人公神奇寶貝最終陣容 16張 dp02.尋找皮卡丘 202號道路 小智收服姆克兒，小次郎得到尖牙籠，小剛歸隊，真司登場 dp03.對戰勁敵 3對3 小光加入 dp04.波加曼對戰含羞苞 小光的初次戰鬥 尚志登場 dp05.收服草苗...
神奇寶貝第三部dp小智收服的神奇寶貝
dp第163集 爆烈進化！烈焰猴！小智的猛火猴發動猛火併進化成烈焰猴 dp第166集 進發！濱海塔 小智的樹林龜進化成土臺龜並學會葉風暴 dp第179集 電擊對戰！最後的徽章 小智得到燈塔徽章 小智的烈焰猴能控制猛火 dp第182集 激戰前夜！小智的神奇寶貝大集合 小智的火球鼠進化成火巖鼠並學會噴火...